尼奥觉醒，使命初显在上一部的结尾，尼奥（基努·里维斯 饰）终于彻底觉醒，认识到了自己作为“救世主”的非凡能力和肩负的使命。经历了被枪击倒地又奇迹般复活后，他变得无所不能，成为抵抗“母体”统治的关键人物。尼奥与深爱的女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰）以及坚定的舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）一同回到了人类最后的庇护所——锡安基地。面对众人的热烈欢迎，尼奥感受到前所未有的责任和压力，肩负起引领人类反…